Ovaj odjel formirao je davne 1965. profesor Vladimir Peršin i djelovao je sve do njegova umirovljenja 1998. U tom periodu pronađene su i evidentirane rijetke biljne vrste, posebno proučavani cretovi, flora dijela Žumberka i fosili na području Korduna.
Danas Prirodoslovni odjel ima jednu formiranu zbirku: Geološko paleontološku, pa je pred novozaposlenim kustosom – vježbenikom, biologom Lukom Čorkom velik posao na istraživanju, sakupljanju, dokumentiranju i prezentaciji posebnosti prirodne baštine karlovačkoga kraja.