Tradicija nam govori kako je bio odveden u Rim gdje ga je car Domicijan osudio na paljenje u vrelom ulju. Međutim, čudesno se izbavio od smrti. Ivan je potom bio osuđen na rad u rudnicima na zatvorskom otoku Patmosu gdje je u Špilji Otkrivenja napisao Otkrivenje. Nakon Domicijanove smrti na čelo Rima dolazi Nerva i Ivan se slobodno vraća u Efez, gdje je napisao ostatak svojih rukopisa. Smatra ga se odgovornim za evangelizaciju područja Male Azije zbog čega su ga Rimljani kažnjavali.
Smatra se da je sv. Ivan bio najmlađi od dvanaet Isusovih izabranika te da ih je sve nadživio. Doživio je duboku starost te bijaše jedini od apostola koji nije prošao kroz mučeničku smrt. Umro je oko 101 g. za vrijeme treće godine vladavine cara Trajana u Efezu.